W Twoich logach odstępstwa pomiędzy "mierzonym ciśnieniem doładowania" a "docelowym..." nie są aż tak istotne, jeżeli chodzi o temat szarpania.
Jeżeli to zero (0) z 137 sekundy dotyczy jak napisałeś "przeładowania", to problem leży w gruszce - nie działa jak powinna - np. ma złe "skoki" regulacji geometrii, złej długości cięgno itd. W normalnym działaniu turbo, może powodować szarpanie, przez "dziwne skoki cięgna".
Co do braku kopcenia przy wyłączonym EGR i dymie widocznym za Tobą powyżej 4000 obr - wszystko jest jak najbardziej w porządku ;)